Magyarország az elit mezőnyversenyen 1, az időfutamban 2, az U23-as mezőnyversenyben 4, míg az időfutamon két versenyzőt delegálhat. Az indulók kilétét a 6 fős szakmai bizottság döntötte el. Az időfutamok és az U23-as mezőnyverseny tekintetében nagyrészt egyetértettek a bizottság tagjai az elit induló megválasztása azonban heves vitát eredményezett.

A két hazai profi klub saját embereit szerette volna Stuttgartban látni: a Cornix csapata a magyar bajnok Szeghalmi Bálintot, míg a P-Nívó, az idei évben legtöbb UCI pontot gyűjtő felnőtt versenyzőt, Kusztor Pétert. Mivel azonban Magyarország az elit versenyző indításának jogát Bodrogi László a ProTour sorozatban elért pontjainak köszönhette, így a bizottság 3 tagja is rá szavazott, és így ő kapta meg az indulási jogot.

A döntés miatt a Team Cornix csapata azonnali hatyállyal beszüntette működését. A pécsi székhelyű, magyar bejegyzésű kontinentális kerékpáros csapat, a Team Cornix menedzsmentje közölte: nem látnak biztosítékot az esetleges olimpiai kvótaszerzés után az olimpiai szereplésre sem, mivel a Szövetség a hagyományokat figyelmen kívül hagyva nem az idei országúti bajnokot nevezi a közelgő vb-re. A Team Cornix többek közt az idei Tour de Hongrie legjobb magyar csapata lett (3. hely), az időfutam OB-n egy ezüstérmest (Légrádi Péter), a mezőnyverseny alkalmával pedig egy aranyérmest (Szeghalmi Bálint) adott a magyar kerékpársportnak. 2006-ban 10 országos bajnoki címet nyertek.